為整合本校中草藥暨新藥研發之相關人力與資源，建立中草藥新藥開發之特色與模式，促進中草藥在基礎研究及臨床藥學之應用，以提升本校研發能量與國際接軌，因此成立本中心以利推行。
本中心以本校天然藥物研究所為基礎，期望達成以下七項目標：
一、 合校內中草藥暨新藥研發之相關人力與資源，發揮研究特色。
二、 研擬本校中草藥研發重點項目，加強推動相關研究以提升對外競爭實力。
三、 提供中草藥暨新藥研發之技術訓練與教育課程，落實人才培育。
四、 舉辦中草藥暨新藥研發之學術研討會與座談會，增進學術交流。
五、 成立中草藥研究技術諮詢辦公室，提供相關諮詢服務。
六、 建立中草藥新藥研發模式，開發符合國際規範之中草藥製劑。
七、 加強產學合作，提升台灣製藥生物技術工業之競爭力。
本中心之主要設計為一個能從上游最基礎的生藥成分（或活性分劃）分離鑑定、藥理活性測試、化學合成與修飾，到下游的藥物動力學、劑型設計、至人體試驗的中草藥新藥研發中心。因此依研究成員之專長分為天然物核心群組，合成核心群組，藥理核心群組，生物藥劑核心群組與臨床核心群組。共有校內近二十位相關領域的教授、博士級教師組成之團隊，其組織圖如下：
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